Les organes de l'association sont: 

• l’Assemblée générale, qui regroupe l’ensemble des membres inscrits,
• le Comité, lieu de coordination jouant le rôle d’un législatif, qui regroupe des membres ayant des responsabilités particulières, certains d’entre eux étant élus par l’Assemblée générale,
• le Bureau, qui remplit les fonctions d’un exécutif.

Le secrétariat de l'ATE Genève se trouve à Genève, Rue de des Gares 9.

L'ATE Genève a actuellement deux groupes de travail sur les thèmes de la mobilité douce et des transports publics. Ils se réunissent environ une fois par mois et suivent les projets genevois sur leur thématique respective.

L'ATE fait partie de plusieurs commissions en lien avec la mobilité durable.